有些药难以用四气五味理论解释药性、香药在古代早期多用作调香品以辟秽防病，说明作用机理，因而又有芳香药性之说。芳后来由于外来香药不断输入，宋代以后其应用范围日益扩犬，对芳香药的药性特点及治疗机理认识不断加深，逐步形成芳香药性理论使其成为中药药性理论一个重要组成部分，从而发展了中药药性理论。芳香药主要作用及指导临床用药意义归纳如下
辟秽防疫芳香药有辟除秽浊疫后之气．扶助正气，抵御邪气的作用，达到辟秽养正，防病治病的目的。古人常用由芳香类药物制作的熏香、炷香，枕香、佩香等方法以防病祛邪，今人燃药香防治感冒流行，都是辟秽防疫的具体应用。
悦聛开胃“土爱暖而喜芳香”，故芳香药蓍人脾胃经．投其所喜，有加强运化，增进食欲．悦脾开胃的功效．如木香、檀香、沉香，丁香及香椽，佛手，甘松等．都是悦脾开胃，用洽脾胃之滞，不思饮食的良药；有些药物自身香气不浓，但经炮制炒香后，如炒谷芽、炒麦芽，炒神曲等．同样可以增进悦脾开胃，纳谷消食的功效。
解衷散邪芳香药以其疏散之性，外走肌表，开宣毛窍，具有芳香疏泄，解表散邪之功，如簿荷，香薷、胡荽等．都是疏散表邪，解除表证的代表药。
行气活血芳香药还有疏散气机．透达经络，行气活血，通经止痛．消肿散结。如香附、乌药，玫瑰花为芳香疏泄，行气活血．调经止痛的代表药．主治肝郁气滞．月经不调，胸胁胀痛等证；又乳香、没药、麝香为行气活血，通经止痛，散结消肿的代表药．主治气滞血瘀．心腹诸痛，经闭痛经，癥瘕积聚，痈肿疮毒等证。
化湿去浊芳香药能疏通气机．宣化湿浊．消胀除痞，复脾健运，即有化湿运脾之功．如苍术、厚朴、藿香、佩兰、草豆蔻等均为芳香化湿的代表药，主治湿浊中阻．脾失健运，痞满呕吐等病证。
通窍止痛芳香药行散走窜．芳香上达．通窍止痛．如辛夷、薄荷、白芷、细辛为上行头目，通窍止痛的代表药，主治鼻塞、鼻渊、头痛及齿痛等病证。
开窍醒神芳香药又有芳香辟秽，开窍启闭，苏醒神志的功效，如麝香、冰片、苏合香、安息香，樟脑等都是芳香开窍的代表药，主治邪蒙心窍，神志昏迷的病症。可见，芳香药性学说，是四气五味学说的补充和发展，也是中药药性理论的重要组成部分。