年12月13日是中国历史上值得纪念的日子，因为这是我国的耻辱之日，是南京30多万同胞受难的日子。侵华日*在在一天攻陷中国的南京之后，在南京城区及郊区对中国平民和战俘进行的长达6个星期的大规模屠杀、抢掠、强奸等战争罪行。
电影背景就在南京大屠杀时，片名中的“金陵”指的就是南京，“十三钗”指的就是电影中13位有情有义的秦淮歌女！其实在原本小说里是有20位秦淮歌女，是因为13是一个不详的数字，预示着主人公南京和中华民族的悲惨命运，所以片名和原小说才叫《金陵十三钗》。
电影的开始，硝烟中支离破碎的南京城，街道上横尸遍野，有一群教堂女学生在街道上奔跑逃命，后面追赶的正是丧心病狂的小日本鬼子。但此时的南京城除了女学生和日本鬼子还有一个美国人约翰和一群中国士兵。在士兵出城的路上和逃命的女学生相遇，士兵首领李教官下命攻击，保护女学生。女学生们在士兵的保护下成功进去到了南京城唯一没有被攻陷的地方——教堂，此时镜头为李教官的瞄准镜，瞄准镜瞄到了一双女学生奔跑时掉落的鞋，这双鞋为影片中李教官的形象埋下了伏笔！就在这时日*出动坦克去围剿剩下的十几名士兵，士兵寡不敌众，无论是从装备弹药还是身体状况都不敌日本人，场面极其惨烈，在弹药无法破坏坦克时，唯一能与坦克抗衡的便是“人肉炸弹”，士兵们一个个背上炸药包去摧毁坦克，电影中说：“那个时候的中国*队会用一种原始的方法，以战友的身体来做掩护，让爆破手尽量靠近坦克，当时的中国人不愿忍受当亡国奴的耻辱。”电影的镜头正好是中国士兵一个接一个的上阵冲锋，但是却被坦克一个接一个的击倒，一个、两个、三个、四个、五个、六个、直到第七个人才用自己的生命换来了一辆坦克的报废！但此时战斗仍然没有结束，还有两辆坦克向他们驶来，李教官冒着生命危险打坏了高压线杆，使高压线杆倒下这才击毁坦克，但坦克失灵撞向了他们所在的那栋楼，一名年轻的男孩士兵严重受伤！画面一转，女学生和约翰已经进入教堂，才知约翰本来是给神父做殡葬的，但是因为神父被炸弹炸飞找不见尸体所以无法开展殡葬，此时的约翰满心都是利益和不善，因为自己是美国人，有了“免死金牌”所以大肆妄为！短暂的慌乱和争吵之后，门外想起了敲门声。
门外敲门的是一群浓妆艳抹的风尘女子，她们强行闯入了教堂，她们就是有名的秦淮河女人，为首的叫玉墨，是秦淮河的头牌！此时女学生们透着教堂的玻璃偷偷的看这些女人，“秦淮景”也随之响起，乐曲中女人们的样子无双风雅，夜幕降临，女人们霸占了地窖，女学生们从上面望去，她们衣衫不整，饮酒作乐，与女学生们产生了强烈的对比！她们与洋人调情，搔首弄姿，女学生们满眼鄙视。深夜，李教官带着年轻男孩士兵蒲生来到地窖救治，却被女人们冷嘲热讽，李教官也没有留下的意思，只是简单包扎了一下，祝福了几句便离开了，在教堂中他给玉墨说：“不能让女学生们落到日本人的手里，那样我的兄弟们就白死了”，说完便离开了，但实际并未走远就休息在教堂对面的纸店里。
第二天，女人们因为厕所和洗澡问题与女学生发生了争执，在扭打当中一颗子弹击中了一名女学生的喉咙，随后日本人闯入教堂，女人们快速霸占了地窖保命，女学生看见她们进了地窖并没有赶走她们却说：“快上楼”随后她们躲在了书房，可还是被日*发现，女学生们却在大堂里日本*肆意折磨，强奸。一名女学生从高处摔下致死，约翰看不下去了想用自己的伪神父的身份保护女学生，可日本人却不把他放在眼里，继续实施暴行。这时远在对面的李教官出手了，两发子弹击杀了日本人，吸引了日本人的注意，随后日本人重火力攻击“纸店”，日本人上楼想亲手杀死李教官，身中数弹的李教官跌下楼去，他的身上已经绑满了炸药，拉开引信和日本人同归于尽。女学生们在教堂看的很清楚，心里也很明白接下来的路只有靠自己了，没有人能在保护他们了。
这时，日本*官长谷川进入教堂，邀请女学生们为她们歌唱并且给了食物，没有办法，约翰只能被迫答应。女学生们埋葬了死去的同学们，进门的时候与女人们碰面，两方的对比很明显，但转变也很明显，此时的女人们已经觉得自己不如女学生们，想为她们做一些事情。她们和约翰商量准备修好卡车逃走，但说起来容易做起来难，修卡车并非简单之事。夜里约翰说蒲生快不行了，随后众人发现没有见到豆蔻和美兰，春花说：“豆蔻和美兰去取琴弦和耳环了”。豆蔻一直把蒲生当自己的弟弟，想在最后时候用完整的琴弦给蒲生弹一曲“秦淮景”，她们给约翰说明了情况，约翰和乔治（乔治是神父收养的男孩子）立即出门去寻找，街道上到处都是惨死的百姓和破败的废墟，豆蔻和香兰遭遇了鬼子，香兰被一颗子弹打中，豆蔻跳入水中也没能多躲过一劫，满身水滴，浑身赤裸的被绑在椅子上受尽凌辱，最后被鬼子一刀插进身体，嘶喊声停了，豆蔻的鲜血染红了她被撕扯的衣服。
等到约翰和乔治赶去，房间只剩下被折磨的惨无人样的尸体，约翰把带血的琴弦交给玉墨，称她们被流弹打死，没有受苦。玉墨和姐妹们代替豆蔻和美兰为蒲生演奏了一曲“秦淮景”。日本*官又来给约翰发请帖邀请学生们去参加他们的庆功宴，约翰婉言拒绝，但拗不过*官，*官清点完人数便离开了。夜里，不想去赴宴的女孩们站上灯塔想结束自己的生命，被约翰和女人们救下。地窖里，玉墨说服姐妹们代替学生们去赴宴，
“商女不知亡国恨，隔江犹唱后庭花”要我说，我们干脆去做一件顶天立地的事，改一改这自古以来的骂名。
女学生们把自己圣诞的新衣服拿出来给她们，她们又开始裁剪床单、窗帘，纷纷脱下妖艳裸露的衣服，用白布裹胸，穿上校服，拉直头发，简称短发宛若学生一般。一切就绪，乔治在一旁数着12个，日本人数的是13个，还差一个，乔治决定自己男扮女装前去赴宴，约翰用女人们剪下的头发做了一顶假发给乔治带上。女人们砸了玻璃，用玻璃做好武器戴在身上，日本人已经在门外，女人们一个接一个的上车，车帘拉了，车门关了，谁也不知道她们到底会经历什么样的折磨。夕阳西下，约翰开着卡车，出了南京城驶向远方！也终于响起了那一曲一直未曾唱完的“秦淮景”
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