南京，古时称金陵。《金陵十三钗》以一个独特的视角讲述一个不可思议的故事，以特定的历史为背景，提醒我们铭记历史、勿忘国耻。从13个金陵风尘女子传奇性的角度切入，表达一个救赎的主题，反映了崇高的人道主义。
年日*侵入南京，战火中，六朝古都化为废墟，众多中国*民被困城中。一支数十人的国*德械教导队余部在长官李教官的指挥下，从日*手里救出了一批教会的女学生，而李教官等人也由此丧失了出城的机会。幸免于难的书娟等学生返回教堂，随她们一起到来的还有受雇远道而来收敛神父遗体的美国人约翰。
此时的南京城中，逃难的人们蜂拥进安全区和教堂寻求庇护，十四名风尘女子强行进入教堂避难，其中精通英文的玉墨希望借助约翰的身份为众人提供更多的保护。然而教堂的墙壁依旧不能抵挡日*的刀枪，日*闯进大门，教堂里的人们，面对着孰生孰死的选择，最后，这些妓女选择替学生们上了日本人的车，给了学生们逃出城的机会。
影片以书娟的第一人称视角进行叙述，书娟的画外音，用南京话讲故事的方式增强了故事的历史真实性，以一个南京大屠杀幸存者的角度进行叙述，让观者更好地被代入电影、代入故事，产生共鸣。电影的开始就是书娟南京话的独白，让人很快进入南京这座城市，以一支数十人的国*德械教导队余部与日*浴血奋战的场景作为影片开头，反映了影片的战争题材。
人们在灰暗的建筑中疯狂逃窜，密集的枪声与人们的尖叫声充斥着整个南京城，透着寒气的城市尸横遍地，只有奔跑着的学生的脸是有颜色的，为了拯救这些在战争中不一样的颜色，李教官他们丧失了出城的机会。表现了战争的残酷血腥，宣扬了中国*人不屈不挠的精神，同时，交代了事情的背景，也为影片的结局做了铺垫，埋下伏笔。
影片中妓女的出场给整个开场增添了颜色，让影片中除了学生白色的脸还有了别的颜色的存在。一群大红的唇色，精细修剪的眉形，画得挑起的眼角，蓬松又规整的卷发，穿着斑斓的丝绸旗袍的女人出现在教堂的门口。此时书娟独白：“这就是著名的秦淮景女人。”交代了这十四个女人的身份和名气。她们潇洒不羁的扔箱子爬墙进入教堂，高分叉的旗袍露出的大腿显得浪荡不羁，与约翰露骨的调情的她们让一片灰暗惨淡的屠杀背景成了女性魅力的游戏舞台。
有着精致的漂亮的脸蛋、婀娜多姿的身段、充满女人味儿的秦淮景妓女们也为这部影片增添不少的观赏价值。她们的出现让白人约翰迷醉、让小男孩不知所措，女学生们嫉妒嫌恶，暗自艳羡又本能清高的排斥的心理为故事情节的发展做了铺垫，同时妓女们刻意夸张的欢快佻达的出场，为故事的发展解释了起因，使故事通向结果。
冲突发生在日*冲破了教堂的大门，在日本*官的威逼下必须让学生在三天后到日**营为*官唱歌，美其名曰是为了*官唱歌，但在教堂里的约翰和妓女们都知道去到*营里意味着什么。在女学生想要维护贞洁选择跳楼时，玉墨说道：“我有办法，我替你去。”其他妓女也说道会替学生去日**营。这成为了让学生活下去的解决办法。
这些妓女拆掉窗帘改学生服，换装裹胸，把卷曲的头发烫成直发替学生们去复命。最后妓女们卸掉妆容拂去尘埃的脸，含着泪水的眼彰显了她们的高于容貌的美。影片以妓女去复命、学生趁机逃出城为结局。影片最后不禁让人思考，难道女学生的生命就比妓女更重要吗？
但其实他们为了拯救的不仅是这几个女学生的生命和贞操，为的是拯救一个民族的希望。对于妓女们的这个选择和影片的结局在影片中也可以看出一些端倪，因为导演在影片中进行了大量的铺垫。影片对于结局的伏笔主要有五个方面，进行对前后故事情节的暗示。
第一层伏笔，影片一开始，以李教官为首的国*就为了拯救女学生失去了出城的机会和生命，这就奠定了这部电影想要保护的角色，她们年轻、弱小、单纯、美好，士兵选择战死也要守护这战争中的希望，让观众理解了这些年轻美好的生命值得大家用生命去捍卫。影片里的一个镜头，幸存的李教官将女学生的遗落的皮鞋珍惜的郑重的放在门口，仿佛放下了十分珍贵的东西，在接下来为了解救女学生而惨死的结局，也让他完满地完成了这项庄重又光荣的使命。
第二层伏笔，在日*第一次冲进教堂，女学生们来不及躲进地窖，书娟为了不让日*发现藏在地窖里的妓女选择离开地窖口和小伙伴跑上楼，保全了妓女们，但却险些被强奸甚至有一名女学生坠楼身亡。书娟的做法等于给了妓女们一个恩情，这也为后面玉墨和妓女们选择替女学生去日**营进行了铺垫，玉墨和妓女们选择报恩，到后面面临选择的时候一些妓女犹豫了，玉墨一句话：“要不是上次那些女学生引开下鬼子，你的脸和屁股现在还不知道在哪里放着呢。”揭示了玉墨和妓女们念着这份恩情，想要报恩的心理。
第三层伏笔，李教官留在地窖托付妓女们照顾的与女学生差不多年纪的重伤小兵浦生死了，大家都知道士兵们是因为掩护女学生而全员阵亡的，李教官临走前嘱托妓女们好好照顾浦生，这对于妓女们来说这份临终嘱托让大家知道女学生们不能出事，不能让士兵们白死。
豆蔻为了给浦生弹一首《秦淮景》冒险走出教堂，一定要到翠禧楼拿琵琶弦，在路上被日*强奸并杀害。豆蔻这样做的原因只是因为觉得浦生可怜，像她的亲弟弟，只想给浦生弹一首好听的曲子，琵琶缺一根弦都不行，这份对浦生的执著，让观众对妓女薄情又多情的印象改观，妓女既有温情又重情义。妓女重情义的一面也让她们最后的结局有了一个合理性，豆蔻与香兰两姐妹的惨死对玉墨和剩下的妓女产生冲击，让大家心悸，这也是妓女们不舍得让这样的惨烈的蹂躏发生在女学生身上的原因。
第四层伏笔，玉墨与约翰的一场谈话中提及自己的身世，玉墨过去与现在的学生们一样也在教堂里学习，但不一样的是在她十三岁那年被继父强奸，被迫成为妓女，在教堂里学习的日子一去不复返，这样的经历她感同身受，所以她不愿意让学生们成为下一个她。一个经历过六年高素质教育的人、身怀着人道主义的人，面对危难不难站出来。交代玉墨的背景，为她选择牺牲自己拯救女学生，妓女们也在她的感召下站出来做了一个巧妙的铺垫，让最后的结局不突兀、不奇怪。
第五层伏笔，女学生知道日本*官的目的，选择跳楼这样的极端方式想要结束自己的生命，这直接促使玉墨做出了替女学生到日本*营的决定。
小小的细节伏笔为影片最后荡气回肠的高潮情节与结局打好了基础，让观众觉得妓女们的决定是自然的，不会做作和突兀。
故事最后的抉择是电影的高潮部分，是整部电影的华彩，它既是故事叙述的终点又是一个全新的起点，让故事进行了升华并开启了一个新的篇章。国难当头，孩子就是一个民族的希望，妓女们不愿意让女学生看见成人世界的肮脏，这是留给学生们的保护，妓女们拯救的不仅是学生们的生命，还是一个民族的希望。
这些本不够光鲜体面的妓女们以人性的光辉带给女学生温暖和民族的希望与期望，她们烫直剪短头发，套着臃肿的校服，素面朝天的她们扭着腰身唱着钓鱼巷的招牌小曲儿《秦淮景》，最后一次唱起《秦淮景》的她们卸下了放荡的曾经，回到她们渴望像学生清纯的模样，踏上前往日本*营的*车，这一刻，谁又有资格说：“商女不知亡国恨，隔江犹唱后庭花”呢？